INGLESE

Concetti generali di biologia molecolare: DNA, RNA e proteine. Il genoma procariotico e eucariotico: struttura, composizione e regolazione. Sequenziamento del DNA: dalla sequenziamento Sanger al Next-Generation Sequencing . Database genomici e proteomici: GenBank e UniProt. Algoritmi di allineamento di sequenze (BLAST, FASTA). Browser del genoma: UCSC. Generazione di dati omici e pipeline bioinformatiche: analisi dei dati NGS. Varianti genetiche: identificazione e analisi strutturale/funzionale in silico.

Fondamenti di bioinformatica - Zanichelli

Conoscenza e comprensione delle principali informazioni biologiche ottenute dall'analisi bioinformatica.

Gli argomenti del corso saranno trattati con l'aiuto di presentazioni Power Point, video, esercitazioni in classe e lettura di articoli scientifici.

L'esame consiste nel superare una prova orale.

Il docente è disponibile per ricevimento degli studenti su appuntamento, da richiedere tramite email.

DNA: struttura e organizzazione; replicazione del DNA; Genoma: struttura e organizzazione; struttura dei cromosomi; il codice genetico
RNA: struttura e organizzazione; trascrizione; mRNA, rRNA, tRNA
Proteine: struttura e organizzazione; traduzione;
Mutazione genetica: mutazioni su larga scala e su piccola scala
Tecnologie genomiche: amplificazione in vivo, PCR, ibridazione e microarray, sequenziamento Sanger, pirosquenziamento, sequenziamento di nuova generazione;
Dati genomici: reads, fasta, fastq, sam, bam, cram, bed, bedgraph, vcf
Annotazione genomica
Analisi dei dati NGS: qualità delle reads, processo di taglio, allineamento, matrice di conteggio (RNA-sequencing), chiamata di varianti (Whole-exome sequencing).
Database: GEO, UCSC

English

General concepts of molecular biology: DNA, RNA and protein. The procariotic and eucariotic genome: structure, composition and regulation. DNA sequencing: from Sanger Sequencing to Next-Generation Sequencing. Genomic and proteomic databases: GenBank and UniProt. Sequence Alignment algorithms (BLAST, FASTA). Genome browser: UCSC. Omics data generation and bioinformatics pipelines: NGS data analysis. Genetic variants: identification and structural/functional analysis in silico.

Bioinformatics for Beginners - Supratim Choudhuri

Knowledge and understanding of the main biological information obtained by bioinformatics analysis.

The topics of the course will be treated with the help of Power Point presentations, video clips, classroom exercises, reading of scientific articles.

The exam consists in passing an oral test.

The teacher is available for reception students on request forwarded via email.

DNA: structure and organization; DNA replication; Genome: structure and organization; Chromosome structure; the genetic code
RNA: structure and organization; transcription; mRNA, rRNA, tRNA
Protein: structure and organization; translation;
Genetic Mutation: large-scale and small-scale mutations
Genome technologies: in vivo amplification, PCR, hybridization and microarray, Sanger sequencing, pyrosequencing, next-generation sequencing;
Genomic data: Reads, fasta, fastq, sam, bam, cram,bed, bedgraph, vcf
Genome annotation
NGS data analysis: reads quality, trimming process, alignment, count matrix (RNA-sequencing), variant calling (Whole-exome sequencing; whole-genome sequencing)
Database: GEO, UCSC